Die in bescheidenen Verhältnissen lebende Landbevölkerung war mit ihren Herren in der Stadt nicht immer zufrieden.
Um 1590 breitete sich deshalb ein allgemeines Unbehagen aus, vor allem wegen der immer höheren Steuern, die von der baselstädtischen Obrigkeit erhoben wurden. Die Unzufriedenheit führte in Gelterkinden zu einem Streit, der in offene Gewalt ausartete. Der nicht besonders beliebte Pfarrer sollte für seine herrschaftstreue Haltung in diesem Konflikt bestraft werden, sein Pfarrhaus wurde angezündet.
Die Brandlegung erfolgte in der Nacht vom 27. auf den 28. Juli 1593. Das Feuer konnte sich ausbreiten, weil die Dorfbevölkerung nicht mithalf, den Brand zu löschen und die Gemeinde in dieser Nacht die Wachen abgezogen hatte. Wer den Brand gelegt hatte, wurde nie bekannt. Man schob dem Prediger die Schuld zu.
Das Pfarrhaus und die angebaute Scheune mit dem „Secret“ (=Abort) dahinter brannten bis auf den Boden ab. Nur im „Sesshaus“ waren die gemauerten Backöfen nicht zerstört und der Pfarrer konnte noch Silber-, Zinn- und Kupfergeschirr vor der Plünderung retten.
Für die Nachwelt ein grosser Verlust war auch, dass gleichzeitig alle Kirchenbücher aus der Zeit vor 1593 mit den Tauf-, Ehe- und Sterberegistern in den Flammen aufgingen.